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Transparency and emerging market bond spreads
(2011)
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Laura Moretti
- I investigate the effect of transparency on the borrowing costs of Emerging Markets Economies. Transparency is measured by whether or not the countries publish the IMF Article IV Staff report and the Reports on the Observance of Standards and Codes (ROSC). Using difference-in-difference estimation, I study the effect on the sovereign credit spreads for 18 Emerging Market Economies over the period 1999-2007. I show that the effect of publishing the Article IV reports is negligible while publishing the ROSC matters, leading to a reduction in the spreads of over 15% in the samples 1999-2006 and 1999-2007. JEL Classification: F33, F34, G15 Keywords: Sovereign Bond Markets, Transparency, Emerging Market Economies
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Der neue RFQ für den Hochladungsinjektor der GSI
(2011)
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Markus Vossberg
- Für das Helmholtzzentrum für Schwerionenforschung (GSI), in Darmstadt, wurde ein neuer RFQ zur Beschleunigung schwerer Ionen für den Hochladungsinjektor (HLI) entwickelt. Dieser RFQ hat den bereits vorhandenen ersetzt und soll, für die Anpassung des HLI an die neue 28 GHz-ECR-Ionenquelle, den Duty-cycle von 25 % auf 100 % erhöhen, um superschwere Ionen zu erzeugen und die Experimente mit schweren Ionen zu versorgen. Der RFQ hat die Aufgabe schwere, hochgeladene Ionen von 4 keV/u auf 300 keV/u zu beschleunigen. Wichtige Eigenschaften sind ein hoher Strahlstrom, eine hohe Strahl-Transmission, eine kleine Strahlemittanz und eine geringe transversale Emittanzzunahme. Die Erhöhung der Injektionsenergie von 2,5 keV/u auf 4 keV/u ermöglicht eine Verkleinerung des Konvergenzwinkels. Der Aufbau des 4-Rod-RFQs für den HLI ist Thema der vorliegenden Arbeit. Die Auslegung des HLI-RFQs bezieht sich auf ein festgelegtes max. Masse zu Ladungsverhältnis von A/q = 6, bei einer Betriebsfrequenz von 108,408 MHz. Die Ionen sollen bei einem Strahlstrom von 5 mA von 4 keV/u auf 300 keV/u beschleunigt werden. Durch die spezielle teilchendynamische Auslegung konnte die Länge des Tanks von vorher 3 m auf jetzt 2 m verkürzt werden. Dies begünstigt den CW-Betrieb der Struktur. Durch den CW-Betrieb hat man eine hohe Leistungsaufnahme, dies erfordert eine besondere teilchendynamische und hochfrequenztechnische Auslegung der RFQ-Struktur und eine effiziente Kühlung. Zur Simulation der Hochfrequenzeigenschaften wurde ein Modell des RFQ mit dem Programm Microwave Studio (MWS) erstellt. Die Simulationen ergaben einen nur 2 m langen RFQ mit sehr hoher Transmission > 95%. Nach den entsprechenden Simulationsrechnungen bezüglich der Teilchendynamik und der Hochfrequenzeigenschaften wurde der RFQ aufgebaut. Der zeitaufwändige Aufbau lässt sich in drei Abschnitte einteilen. Die Elektroden wurden präzise ausgemessen. Danach wurden Stützen, Elektroden und Tuningplatten an der Bodenplatte montiert und in den Tank eingesetzt. Im Tank wurden die Elektroden justiert, die zuerst außerhalb vermessen wurden. Die korrekte Position der Elektroden zur Referenzfläche wurde berechnet und mit Hilfe eines Faro-Gage im Tank eingemessen. Die maximale Abweichung der Elektrodenposition konnte auf 0,03 mm reduziert werden. Nach der mechanischen Einrichtung folgte die HF-Anpassung des Resonators. Durch das Erhöhen der Tuningplattenpositionen zwischen den Stützen konnte die Resonanzfrequenz von 90,8 MHz auf 108,4 MHz erhöht werden. Als nächstes wurde die Spannungsverteilung im Tank gemessen und mit Hilfe der Tuningplatten konnte sie so eingestellt werden, dass die maximale Abweichung zur mittleren Elektrodenspannung bei nur ± 2% liegt. Zur weiteren Hochfrequenzabstimmung wurde die Wirkung zweier Tauchkolben mit einem Durchmesser von 75 mm untersucht. Die Tauchkolben ermöglichen eine Anpassung der Frequenz im Bereich von 1,4 MHz. Sie sollen die möglichen Frequenzverschiebungen durch beispielsweise thermische Effekte, auf Grund des HF-Betriebs, regulieren. Für die Hochfrequenzabstimmung wurde eine Ankoppelschleife gefertigt und angepasst. Die Güte des Resonators betrug Q0 = 3100, bei einem RP-Wert RP = 100 kΩ, d.h. die zur Versorgung stehende HF-Leistung (50 kW im CW-Betrieb) reicht aus. An der GSI wurde nach dem Transport eine Kontrolle der Elektroden vorgenommen, danach wurde der RFQ erst einzeln, danach als komplette HLI Einheit getestet. Dazu wurden verschiedene Pulsmessungen und Emittanzmessungen mit Argon 7+ und Argon 8+ durchgeführt. Bei der ersten Strahlinbetriebnahme wurden die Transmission, die Ionenenergie und die Emittanz mit verschiedenen Ionen gemessen. Die ersten Tests des HLI-RFQ waren sehr vielversprechend. In den Tests war zu sehen, dass die vorgenommenen Arbeiten, wie Justage und HF-Abstimmung der Resonanzstruktur, erfolgreich waren. Danach wurde der Strahlbetrieb mit Calcium, bei einer Leistung von 50 kW, durchgeführt. Die gemessene Transmission bei einer Spannung von 43 kV lag bei 70 %. Im Mai 2010 gab es eine 14Stickstoff2+ -Strahlzeit mit einer gepulsten Leistung von N = 90 kW. Danach wurde Anpassungstests mit verschiedenen Schwerionen durchgeführt. Im November 2010 wurden neue Tuningplatten mit einer besseren Stützenkontaktierung sowie einer besseren Kühlung eingebaut. Die Elektroden wurden nach diesen Maßnahmen auf ± 0,04 mm einjustiert. Die Flatness liegt bei ± 2,1 %, die Güte beträgt Q0 = 3300. Der RFQ wurde in die Beamline eingebaut und geht im Januar 2011 in Betrieb.
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Plant parasitic microfungi on Orchidaceae and Pteridophytes in Western Panama / von Ralph Daniel Mangelsdorff
(2011)
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Ralph Mangelsdorff
- In zahlreichen Veröffentlichungen wird auf den Zusammenhang zwischen Diversität von Gefäßpflanzen und Pilzen hingewiesen. Die gegenwärtig am häufigsten zitierten Autoren schwanken in ihren Schätzungen zwischen 712,000 und 1,5 Millionen Pilzarten weltweit, was einem Verhältnis von Gefäßpflanzenarten zu Pilzarten von etwa 1 zu 2,7 bis 1 zu 5,5 entsprechen würde, wobei von diesen bis zu einem Drittel pflanzenparasitisch sein sollen. In diesem Zusammenhang wird oft angenommen, dass jede Pflanzengattung etwa 50 verschiedene pilzliche Pathogen-Arten beherbergt, von denen die Hälfte spezifisch auf Gattungsniveau sein soll. Panama, das südlichste Land Zentralamerikas, mit einer etwas größeren Fläche als Bayern, beherbergt etwa 9500 Gefäßpflanzenarten, gehört also, relativ zur Landfläche, zu den artenreichsten Gebieten der Erde. Die Orchidaceen sind mit etwa 1150 Arten (ca. 12 %) die mit Abstand vielfältigste Pflanzenfamilie in Panama. An Pilzarten sind für Panama etwa 1900 Arten bekannt, von diesen sind ca. 570 pflanzenparasitisch. Bei den häufig als spezifisch (bestimmte Pflanzengruppen besiedelnden) angesehenen Rostpilzen (Pucciniales) sind gegenwärtig rund 113 Arten für Panama veröffentlicht. Weltweit ist das Verhältnis von Rostarten zu Poaceen-Arten etwa 1 zu 8, während es bei den Orchidaceen nur etwa 1 zu 287 beträgt. Innerhalb des Projektes pflanzenparasitische Mikropilze im Westen Panamas (ppMP) war die Erfassung von Diversität pflanzenparasitischer Pilze ein zentrales Anliegen. Insofern lag es nahe, bei der in Panama diversesten Pflanzengruppe zu schauen, ob dieses Verhältnis durch nicht ausreichende Besammlung und Untersuchung oder durch ein tatsächlich vorliegendes Verbreitungsmuster verursacht wird. Für die Feldforschungen wurden zwölf Standorte ausgewählt, die sich durch Höhenlage, Pflanzengesellschaft, Störungsgrad und Neigung zur Pazifischen oder Karibischen Seite unterschieden. Insgesamt zu vier unterschiedlichen Jahreszeiten sammelten dort für je zwei Stunden drei Mykologen alle erreichbaren pilzlichen Infektionen an Pflanzen. Innerhalb einer Sammlergruppe waren die Sammler auf jeweils bestimmte Pilzgruppen zentriert, so hat der Autor insbesondere auf Rostpilze geachtet. Weitere drei Standorte wurden innerhalb des Projektes nur zweimal aufgesucht. Für die Untersuchung von pflanzenparasitischen Pilzen auf Orchideen erwiesen sich die ppMP-Standorte als ungeeignet, da mit Ausnahme von vier Standorten Orchideen in einer zu geringen Dichte und Diversität vorkamen. Weiter war selbst bei den geeigneten Standorten die räumliche Größe zu gering um erstens die Diversität an Orchidaceen zu erfassen und zweitens ausreichend Individuen einer Art zu untersuchen um eventuelle Parasiten zu finden. Aus diesem Grunde hat der Autor weitere, länger andauernde Exkursionen auch an andere Standorte unternommen. Bisher sind rund zehn Arten pflanzenparasitischer Pilze auf Orchideen aus Panama publiziert. Von diesen sind zwei z. Z. nur von der Typaufsammlung bekannt, die restlichen haben auch in anderen Ländern eine weitere Verbreitung. Sieht man von Schwächeparasiten ab, erwiesen sich im Rahmen der eigenen Forschungen die Rostpilze als die häufigsten Parasiten auf Orchideen. Neben den Feldforschungen wurden im Rahmen der Arbeit Herbarstudien betrieben und es wurde versucht, mit isolierter und amplifizierter DNA Verwandtschaften verschiedener gefundener Roste zu ermitteln. Aufgrund der Ergebnisse schlägt der Autor verschiedene Kombinationen und Neubeschreibungen vor, zudem beleuchtet er anhand der an den Standorten gemachten Beobachtungen die Ökologie verschiedener Pilze, die bisher nur aus Zollbeschlagnahmungen und der Kultur bekannt waren. An den Standorten in Panama konnten Roste auf Orchideen in fünf verschiedenen Allianzen gefunden werden. In jeder dieser Verwandtschaften wurden alle auffindbaren Typen, bzw. authentischen Sammlungen untersucht, beschrieben und gezeichnet. Bei den Rosten mit suprastomatalen Sori fanden sich zwei Verwandtschaften. Eine Art die schon seit etwa 1905 aus der Kultur bekannt war, ist Uredo behnickiana Henn., nach damals herrschender Meinung eine Anamorphe der Gattung Hemileia. Nach Auffassung der letzten Revisoren, die 2004 mit dieser Verwandtschaft gearbeitet haben, sind unter diesem Namen Hemileia americana Mass. und H. oncidii Griff. & Maubl. zu synonymisieren. Beim Typus von H. oncidii hatten diese das Teleutostadium gefunden und darauf die neue Gattung Desmosorus begründet. Die komplexe Taxonomie dieser Gattung wird ausführlich diskutiert und warum dieser Name ungültig ist. In Panama wurde dieser Pilz auf drei verschiedenen Allianzen von Orchideen gefunden, einerseits auf fünf verschiedenen Arten der Laeliinae Epidendreae [Dimerandra emarginata (G. Mey.) Hoehne, Epidendrum microrigidiflorum Hágsater, Prosthechea vespa, Scaphyglottis amparoana (Schltr.) Dressler, S. bifida (Rchb. f.) Schweinf. und S. corallorrhiza (Ames) Ames], weiter auf einer Art der Maxillarieae Cymbidieae [Ornithidium cf. aggregatum (Kunth) Rchb. f.] und auf einer Art der Unterfamilie Orchidoideae [Erythrodes killipii Ames]. Es erwies sich, dass die Besiedlung unterschiedlicher Verwandtschaftsgruppen von Wirten mit morphologischen Merkmalen der Pilze korreliert ist, dieses wurde durch die Untersuchung der Herbarbelege bestätigt. Aufgrund dessen schlägt der Autor vor, diese Pilze in drei Unterarten aufzuteilen, nämlich Uredo behnickiana ssp. behnickiana, U. b. ssp. americana und jener Form auf E. killipii, für die noch ein Name geschaffen werden muß. Molekular zeigte sich, wie bei der Erstbeschreibung der Gattung Desmosorus schon vermutet, dass diese Allianz nicht in die engere Verwandtschaft von Hemileia gehört. Dieser Pilz gruppiert mit den Farnrosten der Gattungen Uncol/Calidion. Um die Familie der Uncolaceae zu bestätigen, wäre es aber wünschenswert, noch mehr Taxa zu sequenzieren. Die zweite Verwandtschaft mit suprastomatalen Sori fand sich auf Dichaea sp. Hier wurde das Anamorph einer echten Hemileia-Art gefunden. Da diese Form aus Panama verschieden ist von der einzigen Art, U. phaji (Racib.) Ritschel auf mehreren asiatischen Orchideenarten, wird sie vom Autor als noch unbeschrieben erachtet. In den Hochlagen wurde auf Malaxis hercodonta (Rchb. f.) Kunze, Prescottia stachyodes (Sw.) Lindl. und Goodyera ovatilabia Schltr. ein Rost der Gattung Puccinia gefunden. Herbar- und Literaturstudien ergaben, dass diese Art P. cinnamomea Diet. & Holw. ist, und dass P. spiranthicola Cumm. mit dieser zu synonymisieren ist. Die Fundsituation macht es unwahrscheinlich, dass hier verschiedene Arten vorliegen, obwohl die Wirte zwei verschiedenen Unterfamilien entstammen. Herbarstudien ergaben, dass Uredo wittmackiana Henn. und U. pleurothallidis Keissl. Anamorphen von P. oncidii Cumm. sind. Diese Arten wurden bisher nicht in Panama gefunden, kommen aber sehr wahrscheinlich hier vor. Innerhalb der Teleomorph-Gattung Sphenospora wurden bisher S. kevorkianii Linder, S. mera Cumm. und S. saphena Cumm. auf Orchideen beschrieben. Einige Anamorph-Arten, wie Uredo nigropuncta Henn., U. epidendri Henn., U. cyrtopodii Syd. & P. Syd., U. guacae Mayor und U. carnosa Speg. wurden in der Vergangenheit bereits als konspezifisch mit S. kevorkianii angesehen. Gemein ist allen, dass unter diesen Namen Belege, die von Orchideen genommen wurden (die von den Pflanzenschutzämtern bei der Einfuhr in die USA beschlagnahmt wurden), sehr häufig in den Herbarien vertreten sind. Untersuchungen des Autors an allen auffindbaren Typen in dieser Allianz, sowie zahlreichen weiteren Belegen zeigten, dass die verschiedenen Taxa sich nicht trennen lassen, da alle relevanten Merkmale in einem Kontinuum ineinander übergehen. Weitere Taxa, die als ebenso konspezifisch erkannt wurden, sind Uromyces stenorrhynchi Henn., U. gynandrearum Corda, U. lynchii (Berk.) Plowr., U. neopustulata Cumm., U. aurantiaca Montemartini, U. oncidii Henn., U. ornithidii F. Kern, Cif. & Thurst. und U. scabies Cke. Da Uromyces stenorrhynchi der älteste Teleomorph-Name ist, wird er S. kevorkianii ersetzen müssen. In Panama konnte der Autor diese Art auf Dichaea elliptica Dressler & Folsom, D. cf. morrisii Fawc. & Rendl., Epidendrum brachyclinium Hágsater & Garcá-Luz, E. cf. barbeyanum Hágsater, E. exasperatum Rchb. f., E. ramosum Jacq., Maxillaria dendrobioides (Schltr.) L. O. Williams, Oncidium sp., O. panduriforme Ames & C. Schweinf., Prescottia stachyodes (Sw.) Lindl., Scaphyglottis sp., Stelis spp., Trigonidium egertonianum Bateman ex Lindl., Xylobium powellii Schltr. und X. elongatum (Lindl. & Paxton) Hemsl. finden. Obwohl die Wirte zum Teil nur entfernt miteinander verwandt sind, konnten keine trennenden Merkmalsdiskontinuitäten gefunden werden. Es gibt vermutlich verschiedene physiologische Rassen, die sich morphologisch nicht gut unterscheiden lassen. Hier wären Infektionsversuche und molekulare Untersuchungen in einem größeren Rahmen sinnvoll. In der Anamorph-Gattung Uredo konnte der Verfasser eine weitere noch unbeschriebene Art finden, die Elleanthus lancifolius C. Presl., E. tricallosus Ames & Schweinf., Sobralia leucoxantha Rchb. f., S. chrysostoma Dressler und einige weitere Vertreter der Sobraliinae befällt. Molekular gruppierte dieser Rost mit einer Gruppe der polyphyletischen Phakopsoraceae, die gegenwärtig nicht aufgelöst werden kann, da keine Sequenzen der Typusart der Familie vorliegen. Pteridophyten sind weltweit mit etwa 9600 und in Panama mit etwa 940 Arten vertreten. Derzeit sind auf ihnen rund 75 Arten von Rostpilzen bekannt. Aufgrund der Tatsache, dass Farnroste phylogenetisch als basal galten, wurden, anders als bei den Orchideenrosten, zahlreiche Studien zu Infektionsversuchen, Wirtswechsel und Phylogenie veröffentlicht. Mehrere Arten erwiesen sich als morphologisch schwer unterscheidbar, aber durch ihre Wirtswahl eindeutig getrennt. Für Panama sind derzeit drei Gattungen von Rosten publiziert: Desmella anemiae Syd. & P. Syd., mehrere unbestimmte Milesia-Arten und Uredinopsis macrosperma (Cke) Magn. Vom Autor und den Mitgliedern der Arbeitsgruppe wurde das vermutliche anamorph-Stadium von Desmella anemiae Syd. & P. Syd. auf Salpichlaena volubilis (Kaulf.) J. Sm. (Blechnaceae), Hypolepis hostilis (Kunze) C. Presl. (Dennstaedtiaceae), Bolbitis portoricensis (Spreng.) Hennipman (Dryopteridaceae), Campyloneurum sphenodes (Kunze & Klotzsch) Fée, Nephrolepis biserrata (Sw.) Schott (Lomariopsidaceae), Serpocaulon fraxinifolium (Jacq.) A. R. Sm., S. loriceum (L.) a. R. Sm. (Polypodiaceae), Pteris altissima Poir. (Pteridaceae), zwei Arten von Thelypteris (subgen. Meniscium und Steiropteris) (Thelypteridaceae), und Diplazium prominulum Maxon (Woodsiaceae) gefunden. In den aktuellen Veröffentlichungen werden die Anamorphen Caeoma mbatobiensis Speg, C. superficiale Speg., Uredo gymnogrammes Henn., U. aneimiae Henn., U. nephrolepidis Diet. und U. blechnicola Henn. der teleomorph-Art Desmella anemiae Syd. & P. Syd. zugeordnet. Da es nicht gelang, an den gesammelten Belegen das Teleomorph zu finden und damit Zweifel an der Identität mit D. anemiae vollständig auszuräumen, wurde sie hier unter dem ältesten Namen des anamorph-Stadiums Uredo superficialis (Speg.) Sacc. eingeordnet. Bislang wurde dieser Rost auf neun verschiedenen Farnfamilen in zwei Ordnungen und etwa 40 verschiedenen Farnarten gefunden, wovon 11 der Funde aus Panama bislang unbekannte Wirte sind. Alle in Panama gesammelten Belege wurden vermessen, Schnitte angefertigt und gezeichnet. Bezüglich der Basis eines Sorus zeigte sich eine gewisse Variabilität, die jedoch als durch die Blattanatomie des Wirtes verursacht angesehen wird. Die Untersuchung der Wirtsartenzusammensetzung an den verschiedenen Standorten zeigte, dass Wirte, die am einen Standort befallen waren, an anderen Standorten nicht befallen waren, während dort andere Farnarten befallen waren. Dies weist darauf hin, dass es wahrscheinlich morphologisch nicht trennbare Rassen gibt, die unterschiedliche Wirte besiedeln. Obwohl häufig gesammelt, gelang es mit einer Ausnahme nicht, DNA von diesen Farnrosten zu isolieren und Abschnitte zu amplifizieren. Hauptgrund dafür war die nahezu vollständige Infektion fast aller Belege mit Hyperparasiten und dass die Belege meist nur geringste Mengen an Sporen zur Isolation hergaben. Im Falle des einen Beleges gruppierte dieser, allerdings mit schlechter statischer Unterstützung, an einem Ast der Pucciniaceae s. l., bzw. der Pileolariaceae. Zwei weitere Belege, eine Uredinopsis-Anamorphe auf Polypodium rhodopleuron Kunze und eine Milesia auf P. ursipes Moritz ex C. Chr. erwiesen sich als unbeschrieben. Derzeit gibt es keinen Gattungsnamen für die (leicht erkennbaren) Uredinopsis-Anamorphen, und wegen der sich gerade in Bewegung befindlichen Taxonomie von Teleomorphen und Anamorphen allgemein, erscheint es nicht sinnvoll solche zu schaffen. In der Anamorph-Gattung Calidion wurde vom Autor eine Art auf Serpocaulon loriceum (L.) A. R. Sm. (Polypodiaceae) und auf Serpocaulon sp. gefunden. Weiter konnten an einem Beleg Teleutosporen gefunden werden. Diese Belege wurden mit dem Typ von C. anemiae Henn. verglichen und es wurde keine Übereinstimmung festgestellt. Wahrscheinlich ist die gefundene Art mit C. cenicafeae Salazar & Buriticá konspezifisch, einer neu aus Kolumbien beschriebenen Art, von welcher der der Typ nicht ausleihbar ist. Der Zweitautor dieser Art hat vor einigen Jahren, begründet auf in Ketten stehenden Teleutosporen, die neue Gattung Uncol und neue Familie Uncoleae [sic] für das Teleutostadium von Calidion beschrieben. Die vom Autor gefundenen Teleutosporen sind zweizellig, gestielt und nicht in Ketten angeordnet. Wahrscheinlich liegt in der Erstbeschreibung eine Fehlinterpretation vor, leider konnte auch zu dieser Art kein Beleg ausgeliehen werden. Molekular gruppierte diese Gattung mit Desmosorus, einem Rost auf Orchideen mit suprastomatalen Sori. Zudem wurde auf Farnen innerhalb der Ascomycota eine auffällige, noch unbeschriebene Art der Gattung Polycyclus (Parmulariaceae) auf Elaphoglossum ciliatum (C. Presl.) T. Moore (Dryopteridaceae) und Serpocaulon loriceum (L.) A. R. Sm. (Polypodiaceae) gefunden. Für die Parmulariaceae auf Pteridophyten werden die Gattungskonzepte diskutiert und vorgeschlagen, Polycyclina unter Polycyclus zusammenzufassen. Auch auf Orchideen wurden wenig bekannte Arten der Ascomycota gefunden, so eine Art der Gattung Lembosia (Asterinaceae s. l.) auf Maxillaria crassifolia (Lindl.) Rchb. f. Die Art ist wahrscheinlich konspezifisch mit L. epidendri Meir. Silva & O.L. Pereira, von welcher der der Typ nicht ausleihbar ist. Von dieser und einer weiteren im BPI gefundenen Art wird eine ausführliche Beschreibung und Zeichnung vorgestellt und es werden alle bekannten Arten der Gattung auf Orchideen dargestellt und verglichen. In der Gattung Phyllachora (Phyllachoraceae) wurde eine noch unbeschriebene Art auf Oncidium warscewiczii Rchb. f. gefunden. Diese wird beschrieben, gezeichnet und mit allen auf Orchidaceen vorkommenden Phyllachorales verglichen. In der Gattung Meliola (Meliolaceae) wurde eine Form auf Camaridium biolleyi (Schltr.) Schltr. und auf einem Epidendrum sp. gefunden. Diese wurden mit dem Typ von M. orchidacearum Cif. auf Prosthechea cochleata (L.) W. E. Higgins verglichen und als wahrscheinlich konspezifisch angesehen, obwohl die Verwandtschaft der Wirte und die gegenwärtig bekannte Verbreitung eine andere ist. In den anamorphen Ascomyceten wurde Pseudocercospora odontoglossii (Prill. & Delacr.) U. Braun auf Pleurothallis imraei Lindl. gefunden. Dies ist das erst Mal, dass dieser Pilz im natürlichen Habitat dokumentiert wird, nachdem er schon lange aus der Kultur bekannt war. Zwei weitere Anamorphen, die auf Brassavola nodosa (L.) Lindl und Pleurothallis dolichopus Schltr. gefunden wurden, werden vom Autor beschrieben und gezeichnet. Für beide ließ sich keine exakte Bestimmung vornehmen, so dass davon auszugehen ist, dass sie unbeschrieben sind. Verglichen mit z. B. den Rostpilzen auf Poaceen, fanden sich auf Orchidaceen bedeutend weniger Parasiten. Es ist offenbar so, dass Pilze Pflanzen, die an gestörten Standorten konkurrenzfähig sind, leichter befallen können, da die Wirte dort in größerer Abundanz vorkommen. Weitere Ursachen, wie Sukkulenz, physiologische Ähnlichkeit der Wirte bei morphologischer Unterschiedlichkeit und durch die bei den Orchideen allgemeine Mykotrophie, die die Abwehr pilzlicher Schädlinge möglicherweise erleichtert, werden in der Arbeit diskutiert.
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Paleoenvironmental and paleoecological changes during deposition of the Late Eocene Kiliran oil shale, Central Sumatra Basin, Indonesia / by Agus Haris Widayat
(2011)
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Agus Widayat
- Forty two samples of the Late Eocene Kiliran oil shale, Central Sumatra Basin, Indonesia were collected from a 102 m long drill core. The oil shale core represents the deposition time of about 240.000 years. Palynofacies and geochemical analyses have been carried out to reconstruct the paleoenvironmental conditions and paleoecology during deposition of the oil shale. Amorphous organic matter (AOM) is very abundant (>76%). B. braunii palynomorphs are present (3-16%) as the only autochtonous structured organic matter and generally more abundant in the middle part of the profile. The stable carbon isotopic composition of bulk organic matter (13C) varies from -27.0 to -30.5‰ and is generally more depleted in the middle part of the profile. The ratio of total organic carbon to sulfur (TOC/S), used as salinity indicator, ranges from 2.5 to 15.8 and shows variations along the profile. Slightly less saline environments are observed in the middle part of the profile. Fungal remains are generally present only in this part with a distinct peak of abundance. The presence of fungal remains is regarded as an indication for a relatively warmer climate during deposition of the middle part of the profile. The warmer climate is thought to influence the establishment of a thermocline, limiting the supply of recycled nutrients to epilimnion. Consequently, the primary productivity in the Kiliran lake decreased during deposition of the middle part of the profile as indicated by the relatively depleted 13C values and the blooming of B. braunii. The chemocline was also shoaling during the deposition according to the higher abundance of total isorenieratane and its derivatives originated from green sulfur bacteria dwelling in the photic zone euxinia. The warmer climate is also thought to influence the slightly decrease of water salinity during deposition of the middle part of the profile. The occurrence of B. braunii in Kiliran lake is also recognized from organic geochemical data. The distribution of n-alkanes is characterized by the unusual high amount of C27 n-alkane relative to the other long-chain n-alkanes. The concentrations of C27 n-alkane vary from 30.1 to 393.7 μg/g TOC and are generally in parallel with the abundances of B. braunii palynomorphs along the profile. The 13C values of this compound are about -31‰ and up to 2‰ enriched relative to those of the adjacent long-chain n-alkanes. B. braunii race A can thus be regarded as the significant biological source of the C27 n-alkane. Lower amounts of lycopane are observed in many oil shale samples (0 to 54.7 μg/g TOC). The 13C value of this compound is 17.2‰. This strong enrichment of 13C suggests that the lycopane was derived from B. braunii race L. The concentrations of lycopane develop generally in opposite with those of C27 μalkane. It is likely that both B. braunii races bloomed in alternation in the lake, probably due to changes on specific water chemistry. Norneohop-13(18)-ene and neohop-13(18)-ene derived from methanotrophic bacteria are the dominant hopanoid hydrocarbons. The sum of their concentrations varies from 40.6 to 360.0 μg/g TOC. The 13C of these compounds are extremely depleted (-45.2 to -50.2‰). The occurrence of abundant bacteria including methanotrophic bacteria was responsible for the recycling of carbon below the chemocline of the lake. The effect of the recycling of carbon is observed by the presence of a concomitant depletion (about 7-9‰) in 13C of some specific biomarkers derived from organisms dwelling in the whole phototrophic zone. 4-Methylsterane and 4-methyldiasterene homologues occur in the oil shale as the predominant biomarkers. The sum of the concentrations of all homologues are about 40.3-1,009.2 μg/g TOC with generally higher values in the uppermost and lower parts of the profile. Calcium (Ca) accounts as the predominant element in the oil shale, ranging from 5.0 to 16.7%. This element shows generally parallel variation with the 4-methylsterane and 4-methyldiasterene homologues along the profile. This suggests that these compounds were derived from biological sources favoring more alkaline and more trophic environments. On the other hand, these compounds were less abundant in the middle part of the profile which is consistent with less alkaline and less trophic environments promoting B. braunii to bloom. Alternation between Dinoflagellates and B. braunii in ancient lacustrine environments due to water chemistry changes have been known from previous studies. In the present case, distinct alternation between B. braunii abundances and concentrations of 4-methylsterane and 4-methyldiasterene homologues along the studied oil shale profile suggest a hypothesis that these compounds were derived from freshwater Dinoflagellates although dinosterane is not present in the sediment extracts. Water alkalinity and trophic level changes were most likely responsible for the alternation of Dinoflagellates and B. braunii blooming.
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Safety and clinical outcomes of rituximab therapy in patients with different autoimmune diseases: experience from a national registry (GRAID)
(2011)
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Hans-Peter Tony
Gerd-Rüdiger Burmester
Hendrik Schulze-Koops
Mathias Grunke
Joerg Christoph Henes
Ina Kötter
Judith Haas
Leonore Unger
Svjetlana Lovric
Marion Haubitz
Rebecca Fischer-Betz
Gamal Chehab
Andrea Rubbert-Roth
Christof Specker
Jutta Weinerth
Julia Ulrike Holle
Ulf Müller-Ladner
Ramona König
Christoph Fiehn
Philip Burgwinkel
Klemens Budde
Helmut Sörensen
Michael Meurer
Martin Aringer
Bernd Kieseier
Cornelia Erfurt-Berge
Michael Sticherling
Roland Veelken
Ulf Ziemann
Frank Strutz
Praxis von Wussow
Florian M. P. Meier
Nico Hunzelmann
Nico Schmidt
Raoul Bergner
Andreas Schwarting
Rüdiger Eming
Michael Hertl
Rudolf Stadler
Michael Schwarz-Eywill
Siegfried Wassenberg
Martin Fleck
Claudia Metzler
Uwe Zettl
Jens Westphal
Stefan Heitmann
Anna Laura Herzog
Heinz Wiendl
Waltraud Jakob
Enno Schmidt
Enno Schmidt
Klaus Freivogel
Thomas Dörner
GRAID investigators
- Introduction Evidence from a number of open-label, uncontrolled studies has suggested that rituximab may benefit patients with autoimmune diseases who are refractory to standard of care. The objective of this study was to evaluate the safety and clinical outcomes of rituximab in several standard of care-refractory autoimmune diseases (within rheumatology, nephrology, dermatology and neurology) other than rheumatoid arthritis or non-Hodgkin's lymphoma in a real-life clinical setting. Methods Patients who received rituximab having shown an inadequate response to standard of care had their safety and clinical outcomes data retrospectively analysed as part of the German Registry of Autoimmune Diseases. The main outcome measures were safety and clinical response, as judged at the discretion of the investigators. Results A total of 370 patients (299 patient-years) with various autoimmune diseases (23.0% with systemic lupus erythematosus, 15.7% antineutrophil cytoplasmic antibody-associated vasculitides, 15.1% multiple sclerosis and 10.0% pemphigus) from 42 centres received a mean dose of 2440 mg of rituximab over a median (range) of 194 (180 to 1407) days. The overall rate of serious infections was 5.3 per 100 patient-years during rituximab therapy. Opportunistic infections were infrequent across the whole study population, and mostly occurred in patients with systemic lupus erythematosus. There were 11 deaths (3.0% of patients) after rituximab treatment (mean 11.6 months after first infusion, range 0.8 to 31.3 months), with most of the deaths caused by infections. Overall (n = 293), 13.3% of patients showed no response, 45.1% showed a partial response and 41.6% showed a complete response. Responses were also reflected by reduced use of glucocorticoids and various immunosuppressives during rituximab therapy and follow-up compared with before rituximab. Rituximab generally had a positive effect on patient well-being (physician's visual analogue scale; mean improvement from baseline of 12.1 mm). Conclusions Data from this registry indicate that rituximab is a commonly employed, well-tolerated therapy with potential beneficial effects in standard of care-refractory autoimmune diseases, and support the results from other open-label, uncontrolled studies. Additional file 1: Supplemental tables. Table A1. Duration of follow-up from first rituximab infusion to last control visit by diagnosis. Table A2. Number of rituximab infusions by diagnosis.
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Live in vivo imaging of Egr-1 promoter activity during neonatal development, liver regeneration and wound healing
(2011)
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Philipp Dussmann
Judith I. Pagel
Sabina Vogel
Terese Magnusson
Rene Zimmermann
Ernst Wagner
Wolfgang Schaper
Manfred Ogris
Elisabeth Deindl
- Background: The zinc finger transcription factor Egr-1 (Early growth response 1) is central to several growth factors and represents an important activator of target genes not only involved in physiological processes like embryogenesis and neonatal development, but also in a variety of pathophysiological processes, for example atherosclerosis or cancer. Current options to investigate its transcription and activation in vivo are end-point measurements that do not provide insights into dynamic changes in the living organism. Results: We developed a transgenic mouse (Egr-1-luc) in which the luciferase reporter gene is under the control of the murine Egr-1 promoter providing a versatile tool to study the time course of Egr-1 activation in vivo. In neonatal mice, bioluminescence imaging revealed a high Egr-1 promoter activity reaching basal levels three weeks after birth with activity at snout, ears and paws. Using a model of partial hepatectomy we could show that Egr-1 promoter activity and Egr-1 mRNA levels were increased in the regenerating liver. In a model of wound healing, we demonstrated that Egr-1 promoter activity was upregulated at the site of injury. Conclusion: Taken together, we have developed a transgenic mouse model that allows real time in vivo imaging of the Egr-1 promoter activity. The ability to monitor and quantify Egr-1 activity in the living organism may facilitate a better understanding of Egr-1 function in vivo. Additional File 1: BLI of adult Egr-1-luc mice with opened body cavity. Transgenic Egr-1-luc mice (one month old) received 6 mg luciferin in 100 μl PBS by intraperitoneal injection. Ten minutes thereafter the animal was killed by cervical dislocation, the body cavity opened immediately, skin from the ventral side partially removed and BLI measurement was carried out (10 min signal collection, setting 'high resolution'). A representative animal is shown with similar amplification setting as in Figure 2A.
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Factors and processes shaping the population structure and distribution of genetic variation across the species range of the freshwater snail Radix balthica (Pulmonata, Basommatophora)
(2011)
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Markus Pfenninger
Moritz Salinger
Timm Haun
Barbara Feldmeyer
- Background: Factors and processes shaping the population structure and spatial distribution of genetic diversity across a species' distribution range are important in determining the range limits. We comprehensively analysed the influence of recurrent and historic factors and processes on the population genetic structure, mating system and the distribution of genetic variability of the pulmonate freshwater snail Radix balthica. This analysis was based on microsatellite variation and mitochondrial haplotypes using Generalised Linear Statistical Modelling in a Model Selection framework. Results: Populations of R. balthica were found throughout North-Western Europe with range margins marked either by dispersal barriers or the presence of other Radix taxa. Overall, the population structure was characterised by distance independent passive dispersal mainly along a Southwest-Northeast axis, the absence of isolation-by-distance together with rather isolated and genetically depauperated populations compared to the variation present in the entire species due to strong local drift. A recent, climate driven range expansion explained most of the variance in genetic variation, reducing at least temporarily the genetic variability in this area. Other factors such as geographic marginality and dispersal barriers play only a minor role. Conclusions: To our knowledge, such a population structure has rarely been reported before. It might nevertheless be typical for passively dispersed, patchily distributed taxa (e.g. freshwater invertebrates). The strong local drift implied in such a structure is expected to erode genetic variation at both neutral and coding loci and thus probably diminish evolutionary potential. This study shows that the analysis of multiple factors is crucial for the inference of the processes shaping the distribution of genetic variation throughout species ranges. Additional files Additional file 1: Distribution of Radix taxa. Spatial distribution of the Radix MOTU as defined in Pfenninger et al. 2006 plus an additional, newly discovered taxon. This map is the basis for the inference of the species range of R. balthica. Additional file 2: Sampling site table and spatial distribution of diversity indices, selfing estimates and inferred population bottlenecks for R. balthica. Table of sampling site code, geographical position in decimal degrees latitude and longitude, number of individuals analysed with microsatellites (Nnuc), expected heterozygosity (HE) and standard deviation across loci, mean rarefied number of alleles per microsatellite locus (A) and their standard deviation, number of individuals analysed for mitochondrial variation (Nmt), rarefied number of mitochondrial COI haplotypes (Hmt), number of individuals measured for body size (Nsize). Figures A1 - A3 show a graphical representation of the spatial distribution of He, Hmt and, s, respectively. Additional file 3: Assessment of environmental marginality. PCA (principle component analysis) on 35 climatic parameters for the period from 1960 - 2000 from publicly availableWorldClim data. Additional file 4: Inference of a recent climate driven range expansion in R. balthica. Analysis of the freshwater benthos long term monitoring data of the Swedish national monitoring databases at the Swedish University of Agricultural Sciences SLU with canonical correspondence analysis.
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Safety, tolerability, and impact on allergic inflammation of autologous E.coli autovaccine in the treatment of house dust mite asthma - a prospective open clinical trial
(2011)
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Markus A. Rose
Bianca Weigand
Ralf Schubert
Johannes Schulze
Stefan Zielen
- Background: Asthma is increasing worldwide and results from a complex immunological interaction between genetic susceptibility and environmental factors. Autovaccination with E. coli induces a strong TH-1 immune response, thus offering an option for the treatment of allergic diseases. Methods: Prospective open trial on safety, tolerability, and impact on allergic inflammation of an autologous E.coli autovaccine in intermittent or mild persistent house dust mite asthma. Determination of exhaled nitric monoxide (eNO) before and after bronchial mite challenge initially and after nine months of autovaccination. Results: Median eNO increase after autovaccination was significantly smaller (from 27.3 to 33.8 ppb; p=0.334) compared to initial values (from 32.6 to 42.2 ppb; p=0.046) (p=0.034). In nine subjects and a total of 306 injections, we observed 101 episodes of local erythema (33.3%; median of maximal diameter 2.5 cm), 95 episodes of local swelling (31.1%; median of maximal diameter 3 cm), and 27 episodes of local pain (8.8%). Four subjects reported itching at the injection site with a total of 30 episodes (9.8%). We observed no serious adverse events. All organ functions (inclusive electrocardiogramm) and laboratory testing of the blood (clinical chemistry, hematology) and the urine (screening test, B-microglobuline) were within normal limits. Vital signs undulated within the physiological variability. Conclusion: The administration of autologous autovacine for the treatment of house dust mite asthma resulted in a reduction of the eNO increase upon bronchial mite challenge. In nine subjects and 306 injections, only a few mild local reactions and no systemic severe adverse events were observed. EudraCT Nr. 2005-005534-12 ClinicalTrials.gov ID NCT00677209
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Primary care practice-based care management for chronically ill patients (PraCMan): study protocol for a cluster randomized controlled trial [ISRCTN56104508]
(2011)
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Tobias Freund
Frank Peters-Klimm
Cornelia Mahler
Justine Rochon
Jochen Gensichen
Antje Erler
Martin Beyer
Annika Baldauf
Ferdinand M. Gerlach
Joachim Szecsenyi
- Background: Care management programmes are an effective approach to care for high risk patients with complex care needs resulting from multiple co-occurring medical and non-medical conditions. These patients are likely to be hospitalized for a potentially "avoidable" cause. Nurse-led care management programmes for high risk elderly patients showed promising results. Care management programmes based on health care assistants (HCAs) targeting adult patients with a high risk of hospitalisation may be an innovative approach to deliver cost-efficient intensified care to patients most in need. Methods: PraCMan is a cluster randomized controlled trial with primary care practices as unit of randomisation. The study evaluates a complex primary care practice-based care management of patients at high risk for future hospitalizations. Eligible patients either suffer from type 2 diabetes mellitus, chronic obstructive pulmonary disease, chronic heart failure or any combination. Patients with a high likelihood of hospitalization within the following 12 months (based on insurance data) will be included in the trial. During 12 months of intervention patients of the care management group receive comprehensive assessment of medical and non-medical needs and resources as well as regular structured monitoring of symptoms. Assessment and monitoring will be performed by trained HCAs from the participating practices. Additionally, patients will receive written information, symptom diaries, action plans and a medication plan to improve self-management capabilities. This intervention is addition to usual care. Patients from the control group receive usual care. Primary outcome is the number of all-cause hospitalizations at 12 months follow-up, assessed by insurance claims data. Secondary outcomes are health-related quality of life (SF12, EQ5D), quality of chronic illness care (PACIC), health care utilisation and costs, medication adherence (MARS), depression status and severity (PHQ-9), self-management capabilities and clinical parameters. Data collection will be performed at baseline, 12 and 24 months (12 months post-intervention). Discussion: Practice-based care management for high risk individuals involving trained HCAs appears to be a promising approach to face the needs of an aging population with increasing care demands. Trial registration: Current Controlled Trials ISRCTN56104508
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Objective identification of residue ranges for the superposition of protein structures
(2011)
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Donata K. Kirchner
Peter Güntert
- Background: The automation of objectively selecting amino acid residue ranges for structure superpositions is important for meaningful and consistent protein structure analyses. So far there is no widely-used standard for choosing these residue ranges for experimentally determined protein structures, where the manual selection of residue ranges or the use of suboptimal criteria remain commonplace. Results: We present an automated and objective method for finding amino acid residue ranges for the superposition and analysis of protein structures, in particular for structure bundles resulting from NMR structure calculations. The method is implemented in an algorithm, CYRANGE, that yields, without protein-specific parameter adjustment, appropriate residue ranges in most commonly occurring situations, including low-precision structure bundles, multi-domain proteins, symmetric multimers, and protein complexes. Residue ranges are chosen to comprise as many residues of a protein domain that increasing their number would lead to a steep rise in the RMSD value. Residue ranges are determined by first clustering residues into domains based on the distance variance matrix, and then refining for each domain the initial choice of residues by excluding residues one by one until the relative decrease of the RMSD value becomes insignificant. A penalty for the opening of gaps favours contiguous residue ranges in order to obtain a result that is as simple as possible, but not simpler. Results are given for a set of 37 proteins and compared with those of commonly used protein structure validation packages. We also provide residue ranges for 6351 NMR structures in the Protein Data Bank. Conclusions: The CYRANGE method is capable of automatically determining residue ranges for the superposition of protein structure bundles for a large variety of protein structures. The method correctly identifies ordered regions. Global structure superpositions based on the CYRANGE residue ranges allow a clear presentation of the structure, and unnecessary small gaps within the selected ranges are absent. In the majority of cases, the residue ranges from CYRANGE contain fewer gaps and cover considerably larger parts of the sequence than those from other methods without significantly increasing the RMSD values. CYRANGE thus provides an objective and automatic method for standardizing the choice of residue ranges for the superposition of protein structures. Additional files Additional file 1: Dependence of Q on the order parameter rank. The quantity Qi is plotted against the order parameter rank i for 9 different protein structure bundles. Additional file 2: Dependence of P on the clustering stage. The quantity Pi is plotted against the clustering stage i for 9 different protein structure bundles. Additional file 3: Dependence of CYRANGE results on the minimal cluster size parameter my. The sequence coverage (red) and RMSD (blue) of the residue ranges determined by CYRANGE were plotted as a function of my for 9 different protein structure bundles. The dotted vertical line indicates the default value, my = 8. Where CYRANGE found two domains, the RMSD values of the individual domains are shown in light and dark blue. Additional file 4: Dependence of CYRANGE results on the domain boundary extension parameter m. See Additional File 3 for details. Additional file 5: Dependence of CYRANGE results on the minimal gap width g. See Additional File 3 for details. Additional file 6: Dependence of CYRANGE results on the relative RMSD decrease parameter delta. See Additional File 3 for details. Additional file 7: Dependence of CYRANGE results on the absolute RMSD decrease parameter delta abs. See Additional File 3 for details. Additional file 8: Dependence of CYRANGE results on the gap penalty parameter gamma. See Additional File 3 for details. Additional file 9: Correlation between the sequence coverage from CYRANGE, FindCore and PSVS, and the GDT total score, GDT_TS. Each data point represents a protein shown in Figures 3 and 4. The coverage is the percentage of amino acid residues included in the residue ranges found by the different methods. The GDT_TS value is defined by GDT_TS = (P1 + P2 + P4 + P8)/4, where Pd is the fraction of residues that can be superimposed under a distance cutoff of d Å. Additional file 10: Correlation between the RMSD value for the residue ranges from CYRANGE, FindCore and PSVS, and the GDT total score, GDT_TS. Each data point represents one protein domain. See Additional File 9 for details.
